Al segle XIII pertanyia al comtat d’Empúries.
Al segle XV, aquest palau-castell pertanyia al convent de Sant Miquel de Fluvià i era un monestir fortificat.
L’any 1428, quan morí Guillem Hug de Rocaberti, senyor de la baronia de Sant Mori, els seus fills quedaren sota la protecció del rei Alfons “el Magnànim”, a l’hereu Dalmau, senyor de Cabrenys, el féu el seu majordom; al segon, Pere, li donà la baronia de Sant Mori; i al més petit, Bernat Hug, cavaller de l’Hospital, el féu comanador d’Alframbra (Aragó).
Durant la guerra contra Joan II, la reina Joana Enríquez sol•licità a l’abat que li cedís aquest castell per instal•lar-s’hi. Quan s’instal•là l’hi donà la categoria de Seti reial i esdevingué seu de baronia.
El tres germans abans esmentats combateren per Joan II.
L’any 1462, Pere Hug, senyor d’aquest castell, fou anomenat capità de la Força de Girona, on hi havia la reina amb l’infant Ferran. Quan finà vers l’any 1490, heretà les baronies de Sant Mori i Maella llur fill Bernat.
Al segle XX fou restaurat per la senyora Francesca Güell.