Avui aquest municipi és considerat com un raval de la Seu, en els seus inicis era a la inversa, la Seu era un raval de Castellciutat.
L’any 793, el cabdill Abd-ab Malik destruí l’església d’Urgell; l’any 839 fou construïda una de nova, i donà origen a l’actual ciutat de la Seu d’Urgell.
A mitjans segle X, Castellciutat era coneguda com “civitas fracta”.
Al segle XII, Ciutat formava part del vescomtat de Castellbó.
L’any 1434, el comte Joan de Foix cedí un molí que hi havia en el riu Valira a aquesta vila.
Després d’haver mort Llúcia, mare d’Ot i del comte Ermengol V, restà deshabitat, però l’any 1462 estigué en servei per ordre del comte de Foix.
En aquest castell hi residia el veguer del vescomtat, es trobava guaitat pels homes d’Ahós, Civís, Vall de sant Joan, batllia d’Aravell i Bellestar, també estaven obligats a fer obres del dit castell.
A finals del 1657, durant la guerra de Separació, els espanyols atacaren la Seu d’Urgell i Castellciutat, llavors, les forces franceses i catalanes dirigides pel general Saint-Abre i Margarit auxiliaren els assetjats, i els espanyols es tingueren que retirar.
L’any 1719, les tropes del duc de Berwick per un cantó i les tropes del mariscal de Bonas pel cantó contrari, assetjaren Castellciutat i aconseguiren la capitulació del defensor Ybánez Cuebas, junt amb la guarnició espanyola i el corregidor de Puigcerdà, Diego de Vilaplana.
L’any 1874, els carlins s’apoderaren de la ciutadilla i un any més tard varen capitular davant l’exèrcit comandat per Martínez Campos.
Aquesta fortalesa va estar abandonada durant la Segona República i rehabilitada a partir del 1950.
Actualment s’ha restaurat i té funció d’hotel.
