En un precepte del rei franc Carloman del 881, ja surt aquest lloc com una possessió de l’Església de Girona.
Vers el 1150, hi hagué unes disputes per aquest castell entre el bisbe Berenguer de Llers i el noble Gilabert de Cruïlles, on aquest darrer pretenia tenir-lo en feu pels vescomtes de Cabrera; l’any 1180, la sentència fou favorable al bisbe Ramon de Girona. El rei Jaume I donà la plena jurisdicció sobre la vila als bisbes gironins.
L’any 1322, el rei Jaume II concedí a la Bisbal el mercat cada divendres.
En el fogatjament de 1365-1370 comptava amb 79 focs.
Durant el segle XIV aquesta vila es va fortificar.
Segons Pla i Cargol, la major part d’aquest castell es pot datar del segle XIV.
L’any 1448, la reina Maria concedí la celebració de fires.
Durant la guerra contra Joan II, els Rocaberti tingueren capitosts en els dos bàndols; en el 1465, Pere de Portugal guanyà aquesta vila. Llavors es féu càrrec el lusità Carlos de Tondo i Joao da Silva.
Durant el segle XVI i XVII es varen fer reformes.
L’any 1698, la Bisbal era cap d’una batllia, formada pels llocs de la Bisbal, Matajudaica, Fontanilles i Sant Iscle d’Empordà.
L’any 1810, el general O’Donnell s’apoderà de la plaça.
L’any 1906, la Bisbal fou creada “ciutat”, durant un període del segle XX, aquest castell es va utilitzar com a presó.
