La primera referència documental data de l’any 1097, quan Ramon Berenguer III convingué amb el seu cosí Artau II, comte del Pallars sobirà, l’erecció del castell d’Amposta per combatre Tortosa, el comte barceloní donava la Suda de Tortosa al comte pallarès a canvi de la seva ajuda militar; la conquesta no es va confirmar i Tortosa continuà en poder dels sarraïns durant molts anys.
Segons l’historiador tortosí Bayerri, el castell d’Amposta tingué caràcter de fortalesa des dels seus inicis.
L’any 1149, el comte Ramon Berenguer IV donà aquest castell a l’orde de l’Hospital.
L’any 1153, l’orde del Temple que tenia alguns drets a Amposta hi renuncià en favor dels hospitalers, llavors l’orde de l’Hospital convertí aquest castell en la seva casa principal.
El primer castlà que es coneix és Gaufred de Bresil que succeí l’any 1154 a Berenguer, mestre d’Amposta i de Sant Celoni.
L’any 1194, n’era castlà Fortuny Cabeça i comanador Eiximèn de Pomar.
L’any 1234, les forces de Zayan, rei de València, arribaren fins a Amposta.
L’any 1260, els hospitalers adquiriren el lloc de la Ràpita, aviat sorgí una comunitat de religioses santjoanistes.
L’any 1280, el rei Pere “el Gran” permutà amb l’orde de l’Hospital el castell i la vila d’Amposta, la Candela i l’Aldea pels castells i viles d’Onda (País Valencià) i Gallur (Aragó). Tot i que l’orde no tenia el domini, seguia tenint comanadoria a la localitat.
L’any 1282, el rei atorgà la carta de poblament d’Amposta i concedí els usatges i costums de Barcelona.
L’any 1319, el frare Guillem Rabassa era el comanador d’Amposta.
L’any 1384, el rei donà aquest castell a l’orde religioso-militar de Sant Jordi d’Alfama.
L’any 1393, el rei Joan I estigué alguns dies a Amposta.
Durant la guerra civil de la Generalitat contra el rei Joan II (1462-1472) jugà un paper força important en la defensa d’aquesta ciutat, va ésser assetjat durant vuit mesos entre 1465 i el1466, finalment va ser pres i enderrocat.
L’any 1488 n’era castlà Bernat Hug de Rocaberti o Pérez Fernández de Heredia.
L’any 1518, Amposta fou saquejada per embarcacions procedents de l’Algèria, comandades per l’alcaid Hazan.
Al segle XVII pertanyia al rei i es trobava dins la vegueria de Tortosa.
La castlania subsistí fins a mitjan segle XIX, renunciant al càrrec de castellà l’infant Francesc de P. Antoni de Borbó.
L’any 1985 començaren les excavacions arqueològiques que finalitzaren deu anys després, finançades per la Generalitat de Catalunya, l’Ajuntament d’Amposta i la Diputació de Tarragona.