Els orígens d’aquesta vila està relacionada amb l’antiga ciutat romana de “Iesso”, es creu que va ésser creada vers els anys 125-75 aC.
Al segle VIII va ésser ocupada pels musulmans que varen mantenir el domini fins als inicis del segle XI, que va estar conquerida pels cristians abans de l’any 1024, sota la direcció d’Ermengol, bisbe d’Urgell, d’aquesta manera Guissona passava als dominis dels bisbes d’Urgell, que es mantindria fins a l’extinció dels senyorius.
L’any 1035, el bisbe Ermengol llegava la ciutat de Guissona, juntament amb altres castells i alous, a la canònica de Santa Maria de la Seu d’Urgell. L’any següent, el comte Ermengol i la seva muller Constança donaren a la catedral d’Urgell la meitat de la ciutat de Guissona.
En l’acta de consagració de la catedral de Santa Maria de la Seu, consta entre les seves possessions el “castrum Iessona”.
Dintre del terme d’aquest castell es trobaven d’altres de menor categoria o quadres, com Tapioles, Vilamur, Rubiol, la Morana, Concabella, Golonor, les Pallargues, Guarda-si-venes i Fluvià.
L’any 1106, es va signar una convinença entre Pere Ramon de Sanaüja i el seu feudatari Pere Ponç, sobre la tinença del castell de Guissona, Sanaüja i Palou, aquest estaven sota l’alt domini del bisbe d’Urgell.
L’any 1116, Pere Ponç, castlà menor, llegava els seus drets que tenia en aquest castell per Pere Ramon de Sanaüja, al seu fill Arnau.
Al segle XII apareix documentada per primer cop la família Guissona, segurament els castlans menors d’aquest castell; l’any 1187, Gombau de Guissona lliurava els castells de Guissona i Guarda-si-venes al seu fill Pere. Durant aquest segle, diverses butlles papals confirmen el domini d’aquest castell per part de la canònica i el bisbe d’Urgell.
L’any 1223, els Fluvià que tenien la meitat dels drets sobre el castell de Guissona, els varen vendre a la canònica de Guissona.
En el fogatjament de 1365-1370 comptava amb 134 focs; en el de 1381, 70 focs; en el de 1497, 143 focs; en el de 1515, 191 focs; i en el de 1553, 193 focs.
En el segle XVI es va utilitzar com a presó.
L’any 1860, desaparegueren les seves darreres restes.